1211），上犹县改名为南安县。绍定四年（1231），升会昌县为会昌军，仍隶赣州。咸淳五年（1269），会昌军复为会昌县。
元至元十三年（1276），改江南西路为江西行中书省，简称“行省”，赣州、南安军均隶江西行省；十四年（1277），赣州和南安军分别改为赣州路总管府和南安路总管府；十五年（1278），江西行省治所迁赣州；十六年（1279），江西行省治所迁回隆兴（今南昌市），南安县改名为永清，直隶江西行省；次年，永清复名上犹县，改隶南安路；二十四年（1287），并龙南县入信丰县，并安远县入会昌县，赣州路总管府领八县：赣县、雩都、信丰、兴国、宁都、会昌、瑞金、石城。元贞元年（1295），升宁都、会昌为州，以石城县隶宁都州，以瑞金县隶会昌州，赣州路总管府辖宁都、会昌二州及赣县、雩都、信丰、兴国四县。至大二年（1309），复置龙南、安远二县，隶赣州路。
明明吴二年（1365，当元至正二十五年），赣州、南安两路改为府，宁都、会昌二州复为县，赣州府领赣县、雩都、信丰、兴国、宁都、会昌、瑞金、石城、龙南、安远十县，南安府领大庾、南康、上犹三县。洪武九年（1376），江西中书省改为江西承宣布政使司，赣州府和南安府均属之；十八年（1385），江西分为五道，赣州、南安二府均属岭北道。成化十三年（1477），设分巡岭北道于赣州，赣州、南安二府属之。弘治七年（1494），置南赣巡抚都察院于赣州，称虔院；十七年（1504）撤销。正德四年（1509），复置南赣巡抚都察院；十二年（1517），从上犹、南康、大庾三县划出部分辖地奏立崇义县，隶南安府，至此，南安府辖四县：大庾、南康、上犹、崇义。嘉靖三十六年（1557），增设分守岭北、岭东、岭南、漳南四道，统于虔院，岭北巡、守两道治赣州，赣州、南安二府隶之；四十年（1561），分出潮州程乡县及武平、安远、兴宁、上杭等县辖地置平远县，隶赣州府；四十二年（1563），只以程乡之义化等镇及兴宁之大信都为平远县，余地划回原辖县；平远县改隶广东潮州。隆庆三年（1569），析安远、信丰、龙南部分地置定南县，隶赣州府。万历四年（1576），析安远之寻邬等十五堡，置长宁县，隶赣州府，至此，赣州府领十二县：赣县、雩都、信丰、兴国、宁都、会昌、瑞金、龙南、安远、石城、定南、长宁，南安府领四县：大庾、南康、上犹、崇义。
清顺治三年（1646），沿袭明制，赣州、南安二府领县各如明时，改隶江西承宣布政司。康熙四年（
