1665），罢虔院；八年（1669），撤销岭北巡、守两道；十年（1671），置分巡赣南道，赣州、南安两府隶之。雍正九年（1731），改分巡赣南道为分巡吉南赣道，增辖吉安府。乾隆十九年（1754），升宁都县为宁都直隶州，辖瑞金、石城二县，赣南自此分为赣州府、南安府、宁都直隶州三个政区；同年，改分巡吉南赣道为吉南赣宁兵备道，增辖宁都直隶州；三十八年（1773），改定南县为厅，隶赣州府。光绪二十九年（1903），划龙南之大龙堡、新兴堡及信丰之镇南、扬溪、步口、回戈堡，置虔南厅，隶赣州府，至此，赣州府领赣县、雩都、信丰、兴国、会昌、龙南、安远、长宁八县及定南、虔南二厅，南安府领四县：大庾、南康、上犹、崇义，宁都直隶州辖瑞金、石城二县。
中华民国民国元年（1912），废州、府、厅。2年（1913），统一全国县制，地方政权只设省、县两级，原宁都直隶州及定南、虔南二厅均改为县，赣南十七县，统辖于江西省政府；3年（1914），江西省设浔阳、豫章、庐陵、赣南四道，赣南道，治赣县，领十七县：赣县、雩都、信丰、兴国、会昌、安远、长宁、龙南、虔南、定南、宁都、瑞金、石城、南康、大庾、上犹、崇义；4年（1915），改长宁县为寻邬县；15年（1926），废赣南道，其辖县复直隶于江西省政府；20年（1931），会昌、寻邬、安远、龙南、定南、虔南、上犹、崇义、大庾九县直属于陆海空军司令部南昌行营党政委员会，赣县、雩都、信丰、南康、兴国五县划为江西省第五行政区党政委员会分会统辖，广昌、宁都、石城、瑞金四县划为江西省第六行政区党政委员会分会统辖；21年（1932），全省划为十三个行政区，赣南各县分属第九、十一、十二、十三行政区，兴国县归第九行政区，第十一行政区（后改称赣南行政长官公署）设赣州，辖赣县、南康、信丰、上犹、崇义、大庾六县，第十二行政区设宁都，辖宁都、广昌、石城、瑞金、雩都、会昌六县，第十三行政区设龙南，辖龙南、定南、虔南、安远、寻邬五县；22年（1933），第十一、十三行政区合并，改名赣南政务专员公署，先设大庾，后迁赣州，辖第十一、十三行政区原领十一个县；24年（1935），全省改划为八个行政区，赣南各县分属江西省第四、八行政区，第四行政区设赣州，辖赣县、南康、信丰、大庾、上犹、崇义、龙南、定南、虔南、安远、寻邬十一县，第八行政区设宁都，辖宁都、广昌、石城、瑞金、会昌、雩都、兴国七县。
苏维埃时期（1928—1935），赣南多数县先后成立苏维埃政府，分别辖于江西、湘赣、粤赣、赣南省苏维埃政府。
